案例概况

云南如意有限公司是王小二和张一共同投资100万元经有关部门批准于2008年1月4日成立，其中分别王小二占股60%，张一占股40%。2016年7月7日，股东会决议减少注册资本，王小二和张一各减少其10%，公司给予退股款王小二90万，张一100万。公司是否代扣代缴个人所得税？

税务分析

《国家税务总局关于个人终止投资经营收回款项征收个人所得税问题的公告》（国家税务总局公告2011年第41号）第一条规定，个人因各种原因终止投资、联营、经营合作等行为，从被投资企业或合作项目、被投资企业的其他投资者以及合作项目的经营合作人取得股权转让收入、违约金、补偿金、赔偿金及以其他名目收回的款项等，均属于个人所得税应税收入，应按照“财产转让所得”项目适用的规定计算缴纳个人所得税。

应纳税所得额的计算公式如下：

应纳税所得额＝个人取得的股权转让收入、违约金、补偿金、赔偿金及以其他名目收回款项合计数-原实际出资额（投入额）及相关税费。

《国家税务总局关于发布<股权转让所得个人所得税管理办法（试行）>的公告》（国家税务总局公告2014年第67号）第二十二条 规定，被投资企业应当在董事会或股东会结束后5个工作日内，向主管税务机关报送与股权变动事项相关的董事会或股东会决议、会议纪要等资料。

被投资企业发生个人股东变动或者个人股东所持股权变动的，应当在次月15日内向主管税务机关报送含有股东变动信息的《个人所得税基础信息表（a表）》及股东变更情况说明。

主管税务机关应当及时向被投资企业核实其股权变动情况，并确认相关转让所得，及时督促扣缴义务人和纳税人履行法定义务。

国家税务总局公告2014年第67号第二十八条规定，纳税人、扣缴义务人及被投资企业未按照规定期限办理纳税（扣缴）申报和报送相关资料的，依照《中华人民共和国税收征收管理法》及其实施细则有关规定处理。

综上所述，个人收回投资款，应按照“财产转让所得”项目适用20%的税率的规定计算缴纳个人所得税。应纳税所得额＝个人取得的股权转让收入、违约金、补偿金、赔偿金及以其他名目收回款项合计数-原实际出资额（投入额）及相关税费。被投资企业应当在董事会或股东会结束后5个工作日内，向主管税务机关报送与股权变动事项相关的董事会或股东会决议、会议纪要等资料。

因此，就本案而言，云南如意有限公司应按规定代扣代缴自然人股东扣缴的个人所得税：

1.王小二应交个人所得税=（900,000.00-100,000.00）*20%=160,000.00（元）。

2.张一应交个人所得税=（10,00,000.00-100,000.00）*20%=180,000.00（元）。