1.根据《中华人民共和国企业所得税法》（中华人民共和国主席令第63号）规定：“第八条 企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出，包括成本、费用、税金、损失和其他支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。”

2.根据《中华人民共和国企业所得税法实施条例》（中华人民共和国国务院令第512号）规定：“第九条 企业应纳税所得额的计算，以权责发生制为原则，属于当期的收入和费用，不论款项是否收付，均作为当期的收入和费用;不属于当期的收入和费用，即使款项已经在当期收付，均不作为当期的收入和费用。

【结论】针对第一种情况，租金费用是在2016年度汇算期前支付并取得发票的，按照权责发生制原则，属于2016年实际发生的费用并取得了合法凭证，因此可以直接在所得税前扣除

针对情况2和情况3

1.根据《国家税务总局关于企业所得税若干问题的公告》（国家税务总局公告2011年第34号）第六条规定，企业当年度实际发生的相关成本、费用，由于各种原因未能及时取得该成本、费用的有效凭证，企业在预缴季度所得税时，可暂按账面发生金额进行核算；但在汇算清缴时，应补充提供该成本、费用的有效凭证。

2.根据《国家税务总局关于企业所得税应纳税所得额若干税务处理问题的公告》（国家税务总局公告2012年第15号）第六条规定，对企业发现以前年度实际发生的、按照税收规定应在企业所得税前扣除而未扣除或者少扣除的支出，企业做出专项申报及说明后，准予追补至该项目发生年度计算扣除，但追补确认期限不得超过5年。

【结论】对于情况2和情况3，无论企业是否支付了租金费用，只要是汇算清缴结束后才取得有效凭证，都属于以前年度实际发生应扣除而未扣除的支出，需要按照文件的要求，在取得有效凭证后，由企业在5年内向税务部门做出专项申报说明后，追补至2016年度进行扣除。